Nell’età moderna assistiamo ad un lento percorso di distacco tra ragione e fede, che servirà come base per le grandi teorie atee del XIX secolo. Questo percorso comincia con lo sviluppo di quelle linee critiche già interne all’ultima Scolastica, che portarono ad una netta divisione degli ambiti tra teologia, filosofia e scienze positive. L’Autore cerca di ricostruire i vari tasselli del mosaico, tenendo presente che si può parlare di due vie, una “ufficiale”, più lenta ed indiretta, ed una “clandestina”, più diretta ed esplicita.